Сниженная изменчивость небольших популяций не всегда связана с случайной потерей генов, но иногда с тем, что вся популяция была начата одной парой или одной оплодотворенной женщиной. Эти «основатели» населения несут с собой лишь очень небольшую долю изменчивости родительской популяции. Этот принцип «основателя» иногда объясняет даже однородность довольно больших популяций, особенно если они хорошо изолированы и вблизи границ диапазона видов.